Pour comprendre les modalités d’infection d’une population naturelle par un agent pathogène et de transmission en son sein, il est nécessaire de connaître les caractéristiques génétiques et immunogénétiques de cette population. En effet, la diversité génétique est essentielle pour que les populations puissent s’adapter aux risques multi-parasitaires auxquels elles sont continuellement exposées. Or la diversité génétique d’une population est le reflet de son histoire démographique et évolutive. Lors de la réintroduction de bouquetins dans les Alpes, les populations ont subi plusieurs goulots d’étranglements successifs qui ont considérablement érodé leur variabilité génétique adaptative. Nous avons testé l’hypothèse que la sensibilité intrinsèque de la population de bouquetins (Capra ibex) du Bargy à la brucellose est liée à une forte consanguinité et une faible diversité génétique, notamment des gènes de l’immunité. Afin d’évaluer les risques de diffusion de l’agent pathogène, nous avons également mesuré les flux de gènes historiques et contemporains entre les différentes unités socio-spatiales du massif du Bargy et avec les populations des massifs alentours de Leschaux-Andey et des Aravis. Nos résultats suggèrent une très faible diversité génétique neutre et adaptative mais très comparable à celle observée dans un grand nombre de populations restaurées des Alpes et des populations sources. Par contre, sa taille efficace limitée (NE~50 individus) présage une forte diminution de la diversité génétique à moyen terme en l’absence de renforcement/migration. Dans l’ensemble, les gènes de l’immunité étudiés sont très peu polymorphes, mais certains variants rares dans la population (du gène SLC11A1 et dans une moindre mesure Tlr1) sont associés à une plus faible prévalence de brucellose, suggérant une résistance des animaux concernés. Enfin, les flux de gènes entre la population de Bargy et les populations voisines sont historiquement limités, mais nous avons détecté de nombreux mouvements contemporains entre Bargy et Aravis qui indiquent un risque de propagation de la maladie.